菏澤市商務局是菏澤市政府的工作部門，根據省委、省政府批準的《菏澤市人民政府機構改革方案》（魯廳字〔2009〕47號）和《中共菏澤市委菏澤市人民政府關于菏澤市人民政府機構改革的實施意見》（菏發〔2009〕25號）設立的。