跨國公司的內部貿易在一定程度上打亂了傳統的貿易格局，使國際貿易關系復雜化。

首先，由于內部貿易采用轉移價格手段，達到跨國公司的特定目標、如將資金利潤調出東道國、逃避東道國的稅收、繞過東道國關稅壁壘等等，使東道國利益受損。在現實中，跨國公司母國常常是發達國家，而東道國常常是發展中國家，因而跨國公司的內部貿易使發展中國家利益受到侵害，導致雙方國家貿易關系緊張。跨國公司內部貿易的逃稅、利潤轉移等u201c特殊功能u201d，使得東道國在制定對外經貿政策時左右為難：一方面為吸引外來資金與技術，必須有鼓勵和優惠的外來投資政策；另一方面為了要減少跨國公司內部貿易給該國帶來的侵害，又不得不對外資制定加以限制的政策。

其次，使世界市場上通過傳統的u201c自由市場u201d按照公平條件進行的交易所占比重不斷減少，而通過所謂的u201c封閉u201d市場進行的交易則日益擴大。跨國公司利用不同地區的資源優勢，在國際生產中實行分工協作，推行制造部件、集中裝配、定向銷售的經營策略，使得跨國公司對全球性生產與交換的管理性加強，其內部市場已構成世界市場中封閉市場的重要一部分。此外，內部貿易一方面使跨國公司自身的競爭力大大提高，壟斷實力大大增強；另一方面，它又使跨國公司之間的競爭更加激烈，局外企業在壟斷競爭的世界市場中更難以立足。