下設15個職能服務部室，43個商品分會。商會總部聘有一支優秀的懂經濟、會外語的專業職工隊伍，他們精通商品專業知識，熟悉國內外市場，熟悉行業與企業，并與政府部門保持著廣泛的聯系，悉心致力于會員企業的生產及貿易活動的協調與促進工作，為會員企業解決生產及進出口貿易中的難題，并提供智力支持。商會配備英、法、德、日、韓、俄、西班牙等各種外語人才以及經濟、國際貿易、市場營銷、財務、美術設計、IT、信息、法律、食品等各種專業技術人才，可為行業企業提供各種服務。

辦公室

·負責商會內部管理，人事管理，秘書工作。

財務部

·負責商會財務工作。

綜合業務部

·負責政策性研究，綜合業務、國內外市場調研，統計數據分析。

法律服務部

·負責法律咨詢服務及培訓，反傾銷、反補貼、保障措施應訴組織工作等。

信息服務部

·提供各種信息、咨詢服務。

·負責《國際農產品貿易》雜志和《中華農林土畜貿易網》兩個媒體的運做與管 理。

《國際農產品貿易》雜志社

·負責《國際農產品貿易》雜志的編輯發行。

展覽部·

負責組織企業參加中國出口商品交易會（廣交會），提供國內外展覽服務。

北京金穗展覽中心

·負責承辦國內外展會。

公共關系部

·負責辦理會員入會、退會、會籍管理及接待會員投訴等，組織綜合性市場開拓團組及會員綜合性業務、培 訓。

·負責與國際同行業組織、外國駐華機構等的聯絡，開展綜合性業務交流與合作。

糧油部

·負責糧油產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服務。

·主要協調商品：大豆、花生、芝麻、雜糧雜豆、樹果、板栗、油料、炒貨等。

果菜工業食品部

·負責蔬菜和水果及加工食品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服務。

·主要協調商品：干鮮及冷凍蔬菜、水果及制品、果汁、糖類、粉絲、烘焙食品、工業食品等。

肉食部

·負責各種肉食產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服務。·主要協調商品：活畜禽、畜禽肉食產品及制品、乳品、蛋品、飼料等。

水產部

·負責各種水產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服務。

·主要協調商品：鰻魚、小龍蝦、蟹、蝦、紫菜、裙帶菜、凍魚片、魚制品、貝殼類水生動物、各種水產品 等。

林產香料部

·負責林產品和香精香料產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服務。

·主要協調商品：松香、木材、板材、膠合板、纖維板、木地板、桐木及各種香精香料等。

茶飲園藝部

·負責茶葉、酒飲、花卉及部分特產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服 務。

·主要協調商品：茶葉、咖啡、可可飲料、酒飲、花卉、楊桐柃木、蠟燭、食鹽、調味品、觀賞動物等。

特產部

·負責食藥用菌及制品、蜂產品、炮竹煙花、部分特產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市 場、客戶等信息服務。

·主要協調商品：蜂蜜、食藥用菌及制品、松茸、蘑菇罐頭、炮竹煙花、塑編袋等。

畜產地毯部

·負責畜產和地毯產品等行業商品的協調管理、服務及促進工作，并提供市場、客戶等信息服務。

·主要協調商品：兔毛、羊絨、羊毛、地毯、豬鬃、腸衣、羽絨及其制品、裘革皮及制品等。