2008年3月21日《國務院關于機構設置的通知》規定部門設置如下:

國務院設置辦公廳、國務院組成部門（27個）、國務院直屬特設機構（1個）、國務院直屬機構（16個）、國務院辦事機構（4個）、國務院直屬事業單位（17個）、國務院部委管理的國家局（22個）、國務院議事協調機構（33個）。

2013年3月10日,國務院機構改革和職能轉變方案公布。這次改革，國務院正部級機構減少4個，其中組成部門減少2個，副部級機構增減相抵數量不變。改革后，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門由2008年的27個變為25個。

2018年3月13日，國務院機構改革方案公布，根據該方案，改革后，國務院正部級機構減少8個，副部級機構減少7個，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門26個。

中華人民共和國國務院辦公廳

中華人民共和國外交部

中華人民共和國國家發展和改革委員會

中華人民共和國科學技術部

中華人民共和國國家民族事務委員會

中華人民共和國國家安全部

中華人民共和國司法部

中華人民共和國人力資源和社會保障部

中華人民共和國生態環境部

中華人民共和國交通運輸部

中華人民共和國農業農村部

中華人民共和國文化和旅游部

中華人民共和國退役軍人事務部

中國人民銀行

中華人民共和國國防部

中華人民共和國教育部

中華人民共和國工業和信息化部

中華人民共和國公安部

中華人民共和國民政部

中華人民共和國財政部

中華人民共和國自然資源部

中華人民共和國住房和城鄉建設部

中華人民共和國水利部

中華人民共和國商務部

中華人民共和國國家衛生健康委員會

中華人民共和國應急管理部

中華人民共和國審計署

教育部對外保留國家語言文字工作委員會牌子。科學技術部對外保留國家外國專家局牌子。工業和信息化部對外保留國家航天局、國家原子能機構牌子。自然資源部對外保留國家海洋局牌子。生態環境部對外保留國家核安全局牌子。

國務院國有資產監督管理委員會

中華人民共和國海關總署

國家市場監督管理總局

國家體育總局

國家國際發展合作署

國務院參事室

國家稅務總局

國家廣播電視總局

國家統計局

國家醫療保障局

國家機關事務管理局

國家市場監督管理總局對外保留國家認證認可監督管理委員會、國家標準化管理委員會牌子。國家新聞出版署（國家版權局）在中央宣傳部加掛牌子，由中央宣傳部承擔相關職責。國家宗教事務局在中央統戰部加掛牌子，由中央統戰部承擔相關職責。

國務院港澳事務辦公室

國務院研究室

國務院僑務辦公室在中央統戰部加掛牌子，由中央統戰部承擔相關職責。國務院臺灣事務辦公室與中共中央臺灣工作辦公室、國家互聯網信息辦公室與中央網絡安全和信息化委員會辦公室，一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機構序列。國務院新聞辦公室在中央宣傳部加掛牌子。

新華通訊社

中國社會科學院

國務院發展研究中心

中國氣象局

中國證券監督管理委員會

中國科學院

中國工程院

中央廣播電視總臺

中國銀行保險監督管理委員會

國家行政學院與中央黨校，一個機構兩塊牌子，作為黨中央直屬事業單位。

國家信訪局（由國務院辦公廳管理）

國家能源局（由國家發展和改革委員會管理）

國家煙草專賣局（由工業和信息化部管理）

國家林業和草原局（由自然資源部管理）

中國民用航空局（由交通運輸部管理）

國家文物局（由文化和旅游部管理）

國家煤礦安全監察局（由應急管理部管理）

國家藥品監督管理局（由國家市場監督管理總局管理）

國家糧食和物資儲備局（由國家發展和改革委員會管理）

國家國防科技工業局（由工業和信息化部管理）

國家移民管理局（由公安部管理）

國家鐵路局（由交通運輸部管理）

國家郵政局（由交通運輸部管理）

國家中醫藥管理局（由國家衛生健康委員會管理）

國家外匯管理局（由中國人民銀行管理）

國家知識產權局（由國家市場監督管理總局管理）

國家移民管理局加掛中華人民共和國出入境管理局牌子。國家林業和草原局加掛國家公園管理局牌子。國家公務員局在中央組織部加掛牌子，由中央組織部承擔相關職責。國家檔案局與中央檔案館、國家保密局與中央保密委員會辦公室、國家密碼管理局與中央密碼工作領導小組辦公室，一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機關的下屬機構序列。

（國務院機構和部委管理的國家局設置信息，據國發〔2018〕6號和國發〔2018〕7號文件）^[5]