蘭州海關于1989年9月28日經國務院批準正式成立，是直屬海關總署領導的正廳級海關。建關之初的監管區域包括甘肅省、青海省、寧夏回族自治區“二省一區”。隨著銀川海關于1997年11月成立，西寧海關于1998年10月成立，蘭州海關的監管區域變為甘肅一省。現行機構設置有辦公室、審單技術處、綜合業務處、稽查處、人事教育處、財務裝備處、監察審計室、現場業務處、機關服務中心等9個處級機構和緝私局1個副廳（局）級機構。蘭州海關地址：蘭州市安寧區銀安路9號，郵編：730070，總機：0931-7705000。 　2003年3月18日設立外派機構——蘭州海關駐天水監管組（正科級），隸屬現場業務處，授權辦理天水市、平涼市、慶陽市和隴南市的部分海關業務。蘭州海關駐天水監管組辦公地點位于天水市建設路8號，郵編：741000，電話：0938—6812328。

　2004年5月25日，經國務院批準設立酒泉海關（正處級隸屬關）。2007年10月26日，酒泉海關揭牌開關，負責辦理酒泉、嘉峪關、張掖三市企事業單位進出口海關通關業務。酒泉海關辦公地點位于酒泉市新城區富康路33號，郵編700730，總機電話：0937-2672345。

　建關以來，在海關總署的直接領導下，蘭州海關依靠甘肅省委、省政府的大力支持，正確行使國家賦予的權力，認真履行“把關服務”職能，依據《中華人民共和國海關法》及其他法律、法規，認真辦理進出口企業管理、減免稅審批、加工貿易合同備案、轉關運輸監管等業務；對甘肅省國有大中型企業、外貿專業公司、工貿公司、三資企業進出境運輸工具、貨物、物品進行監管，嚴格稅收征管，確保稅款及時入庫；大力開展查緝走私；積極發揮海關統計的預警、服務職能；配合國家西部大開發的實施，深化通關作業改革，大力推進和實施以風險管理為核心的現代海關制度第二步發展戰略，整頓和規范進出口貿易秩序，各項業務有了長足的發展，為促進甘肅省經濟社會發展做出了應有的貢獻。同時，蘭州海關認真落實科學治關理念，以準軍事化海關紀律部隊建設為統領，大力加強干部隊伍建設和廉政建設，正確處理改革發展與穩定的關系，較好地完成了各項工作任務，全關各項工作逐步走向正規化，保持了積極向上的發展勢頭，蘭州海關連續多年被評為省級精神文明行業和精神文明單位。