1.辦理進口料、件的免稅申請和《加工貿易登記手冊》的申領手續
　　經營加工貿易業務的單位，應于料、件進口前，根據銀行保證金臺帳制度的要求辦理開戶登記手續；然后持國務院有關主管部、委或省、自治區、直轄市、計劃單列市對外經濟貿易管理機關以及他們授權的管理部門或者有關主管部門（包括各進出口總公司，省、自治區、直轄市廳局級工業主管部門）頒發的《加工貿易合同批準證》，連同加工貿易合同副本或訂貨卡片，向主管海關辦理登記備案手續，并由海關核發《加工貿易登記手冊》。
　　2.向銀行申請開設保證金臺帳的手續
　　目前中國銀行是唯一授權辦理開設加工貿易進口料件銀行保證金臺帳業務的銀行，其他銀行均不受理該項業務。根據銀行保證金臺帳制度的有關規定，經營加工貿易企業一律向加工生產企業主管海關所在地的中國銀行分（支）行申請開設銀行保證金臺帳。
　　3.加工貿易進出口報關實務
　　為加強海關對加工貿易的監管，準確采集保稅企業進出口貨物數據，使前期備案與后期核銷有機地結合起來，保證核銷數據的準確、真實，杜絕假單證核銷現象，海關對保稅貨物的進出口報關進行規范是極其必要的。
　　具體要求與手續如下：
　　(1).企業應符合以下條件才能到口岸海關辦理保稅貨物進出口報關手續：
　　1)、企業已申領到《登記手冊》，并在有效期內；
　　2)、接受申報的口岸海關計算機內必須有企業所持加工貿易登記手冊的計算機的備案資料；
　　3)、加工貿易登記手冊電腦備案資料應在有效期內；
　　4)、異地報關使用IC卡的，企業應申領到IC卡。
　　(2).企業向海關申報保稅貨物進出口的操作流程如下：
　　報關單預錄入——審單——查驗——放行
　　(3).報關前企業應準備好以下單證：
　　1)、有效的加工貿易《登記手冊》；
　　2)、已預錄入的進口或出口貨物報關單；
　　(4)、海關要求的其他有關單證
　　加工貿易進出口貨物報關單應按《中華人民共和國海關進出口貨物報關單填制規范》的要求填寫，并注意以下幾點：
　　1)、一份報關單只能填報一本《登記手冊》項下料件的進口或成品的出口，否則應分單填報；
　　2)、備案號欄應填報實際進口或出口的手冊編號；
　　3)、貿易方式欄應根據實際情況按規定選擇相應的貿易方式填報，包括來料加工（0214）、進料對口（0615）、進料非對口（0715）、三資進料加工（2215）等貿易方式；
　　4)、企業所申報進口或出口貨物的序號、品名、規格、計量單位必須與在海關備案的加工貿易登記手冊上的進口料件或出口成品的序號、品名、規格、計量單位完全一致。
　　(5).報關時，加工貿易登記手冊應按以下方法填寫：進口料件的基本情況（包括進口報關日期、運輸工具名稱、貨物名稱規格、數量、價值等）填在登記手冊的“進口料件報關登記表”欄內；出口成品的基本情況（包括出口報關日期、運輸工具名稱、貨物名稱規格、數量、價值等）填在登記手冊的“出口成品登記表”欄內。
　　(6).海關總署規定 5000美元以下、 78種以內客供輔料，因不核發《登記手冊》，報關時不按加工貿易方式報關，按一般貿易方式報關進出口。報關單的備案號欄填報“CXXXX0000000”，第二至五位為關區號。其他內容按《中華人民共和國海關進出口貨物報關單填制規范》填報。
　　4.加工貿易監管
　　(1).對加工貿易企業的監管
　　海關對加工貿易企業和加工生產企業有何監管要求如下：
　　1)．經營單位和企業要提高依法經營的自覺性，嚴格按照海關的有關規定單獨設立帳冊，單獨堆放，嚴禁與其他料件混放。
　　2)．保稅進口料件屬海關監管貨物，自進口之日起至加工成品出口之日止，均應接受海關監管。在監管期限內，未經海關許可，任何單位或個人（包括外商）不能將進口料件和加工成品在境內出售、轉讓、調換、抵押或移作他用，不可擅自外發加工。
　　3)．企業要安排專人（報關員或報核員）辦理合同的審批、備案、核銷以及臺帳設立和核銷手續。
　　4) 、 加工貿易企業和加工生產企業對遵守海關有關規定負有共同責任。
　　(2).對加工貿易進口料件的監管
　　1).進口原料加工成半成品后轉讓給其他單位--外商投資企業后繼續加工成制成品出口，應遵循進口料件加工為半成品后轉讓給其他單位再加工的海關辦理手續
　　①"轉廠"問題屬于加工貿易保稅貨物深加工結轉問題，按照海關的有關規定，深加工結轉，海關在管理上視同出口；
　　②"其他單位"一般必須是貿易方式同類型的企業,而且企業營業執照上的經營范圍應類似;
　　③如果涉及保稅貨物深加工結轉的加工貿易經營單位分屬不同海關管轄，就要涉及跨關區深加工結轉的問題。
　　④未經加工的保稅進口料件不得結轉。
　　⑤開展深加工結轉業務，應事先經外經貿主管部門批準，并按規定辦理海關手續后，方可開展貨物的實際結轉。
　　⑥要憑《中華人民共和國海關加工貿易保稅貨物結轉深加工申請表》（以下簡稱《申請表》）向海關預申報結轉計劃。
　　⑦海關對深加工結轉的保稅貨物采用轉關運輸和不按轉關運輸兩種方式進行監管，管理辦法有所不同。
　　2).保稅料件加工成半成品（成品）不直接出口而結轉到另一家國內企業繼續深加工，應辦理的海關手續進口的料、件在加工成半成品（成品）后不直接出口，而是轉讓給另一承接進口料、件加工成品復出口的國內加工單位進行深加工時，轉讓單位應當會同接受轉讓的單位持雙方簽訂的購銷合同、手冊等有關單據向海關申請辦理結轉手續。
　　3).對無法履行的來料或進料加工合同，其進口的料件或加工的成品須轉為內銷的，海關有何管理規定經有關部門批準，海關核準后，按一般進口貨物補證補稅后方可內銷。
　　4).進料加工及來料加工合同履約后，海關對剩余的料件有何征、免規定
　　對用于加工成品必不可少的但在加工過程中并沒有完全消耗掉的仍有使用價值的物品和生產過程中產生的副次品和邊角料，海關根據其使用價值分別估價征稅或酌情減免稅。對由于改進生產工藝和改善經營管理而節余的料件或增產的成品轉為內銷時，經海關審核屬實，其價值在進口料、件總值規定限額、限值內的可予免征稅。
　　(3).加工貿易許可證管理的規定
　　1).海關在加工貿易合同備案時，對許可證管理的規定如下:
　　加工貿易合同備案時，除另有規定的羊毛、天然橡膠、植物油、棉花，海關須驗憑許可證外（"實轉"則不須提供），其余均免領許可證。

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