特殊航空器是指中、外各國國家元首乘坐的座機，各國重要代表團乘座的專機、包機，作為軍用及特殊物品運輸的航空器，停留時間短（一般停留1小時左右）的過境航空器。
1．一般情況。在正常無疫情的情況下，可給予方便、禮遇，或由接待部門辦理入出境手續，予以放行；如果發現檢疫傳染病的染疫人或染疫嫌疑人，處理方法同一般航空器。
2．過境航空器。對停留時間較短的過境航空器，其旅客和員工如不離開航空港的候機大廳，可以不再進行衛生檢疫手續；對來自境外疫區或者機上有染疫人、染疫嫌疑人或一般性病人時，按照規定實施入境衛生檢疫和必要的衛生處理。
3．軍用航空器。軍用航空器一般需實施檢疫，但國家軍事領導機關有特殊要求的，則由接待單位與國家檢驗檢疫機構共同協商，參照專機的衛生檢疫程序執行。
4．特殊人員的衛生檢疫。
①政治身份很高的人士按國際慣例沒有免驗待遇，但可以禮遇，手續由陪同辦理，但檢疫人員應在崗進行健康診察，遇需衛生處理者，應與有關接待部門協商，請示報告妥善安排。
②專業團體包括文藝體育代表團、軍事、專家技術代表團等，可由先行人員事先聯系，辦理集體健康申報，檢疫人員在入出境通道進行健康觀察。
③對于帶有政治、法律因素的人員，如被引渡者、犯人等，應采取不同形式完成檢疫任務。