1．接受報檢
　　要求運輸動物過境的，貨主或代理人必須事先商得出入境檢驗檢疫機構同意，并按照指定的口岸和路線過境。查核國家出入境檢驗檢疫局簽發的《動物過境許可證》及輸出國或地區政府動植物出入境檢驗檢疫機關出具的檢疫證書和報檢單。手續齊備的，方可接受報檢。
　　2．現場檢疫及處理
　　向承運人或押運人了解入境前動物的情況，核對貨證是否相符。檢查裝載過境動物的運輸工具、裝載容器、飼料和鋪墊材料，是否符合中國動植物檢疫的規定。有傳染病癥狀的，采樣送檢驗室檢驗。過境動物的飼料受病蟲害污染的，作除害、不準過境或者銷毀處理。過境動物的尸體、排泄物、鋪墊材料及其他廢棄物，必須按照規定處理，不得擅自拋棄。
　　3．放行及處理
　　過境的動物經臨床檢疫合格的，簽發《檢疫放行通知單》，注明過境期間的檢疫防疫要求，并按指定的過境路線派員監運出境。檢驗發現動物一、二類傳染并寄生蟲病的，簽發《檢疫處理通知單》，全群動物不準過境。運輸工具、籠具、鋪墊材料、飼料等發現植物檢疫的危險性病蟲雜草的，簽發《檢疫處理通知單》，通知并監督承運人或押運人作除害或銷毀處理。